La estructura interna de la Empresa de Energía del Putumayo S.A  E. S. P., esta organizada:

ASAMBLEA DE ACCIONISTAS  
JUNTA DIRECTIVA  
REVISOR FISCAL  
GERENCIA  
SUBGERENCIA COMERCIAL Y DE PLANEACION  
SUBGERENCIA TECNICA OPERATIVA  
OFICINAS OPERATIVAS Y COMERCIALES  
       MOCOA  
       VILLAGARZON  
       PUERTO GUZMAN  
       ORITO  
SUBGERENCIA FINANCIERA Y DE PERSONAL  
AUDITOR EXTERNO  
ASESOR JURIDICO EXTERNO